Mam wątpliwość odnośnie zastosowania art. 112 c ustawy o VAT (zawyżenie podatku naliczonego do odliczenia w związku z ujęciem w ewidencji zakupów faktury VAT nie dokumentującej rzeczywistej transakcji):
1. faktura wystawiona we wrześniu 2016 i w tym samym miesiącu ujęta przez dostawcę w ewidencji sprzedaży i przez odbiorcę (moją firmę) w rejestrze zakupu VAT
2. w deklaracji VAT-7 za 09/2016 moja spółka z o.o. wykazała nadwyżkę naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy i nadwyżkę tę spółka przenosiła z miesiąca na miesiąc aż do stycznia 2017. W styczniu 2017 w deklaracji VAT-7 spółka wykazała zwrot na rachunek bankowy (w większości zwrot wynikał z faktury ujętej w rejestrze zakupów i deklaracji we wrześniu 2016)
3. w toku kontroli i postępowania kwestionujemy tylko tę 1 fakturę z września 2016- u sprzedawcy jest art. 108 u nas pozbawienie prawa do odliczenia
4. kontrola i postępowanie obejmują okres od września 2016 do stycznia 2017- po zakwestionowaniu faktury w mojej spółce dalej występuje nadwyżka naliczonego nad należnym za miesiące od września 2016 do stycznia 2017 tylko w znacznie mniejszej wysokości; tym samym zwrot za 01/2017 znacznie się zmniejszy

Czy w opisanej sytuacji mogę zastosować w styczniu 2017 roku art. 112c ustawy o VAT (ustalić dodatkowe zobowiązanie podatkowe w VAT za styczeń 2017) jeśli faktura VAT która na zawyżenie zwrotu wpłynęła została faktycznie ujęta i rozliczona w deklaracji za 09/2016 gdy nie obowiązywały jeszcze przepisy art. 112 b i 112 c ustawy o VAT?
Moje wątpliwości co do zastosowania art. 112c rodzą się po zestawieniu z art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej który brzmi:
dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług nie powstaje, jeżeli decyzja ustalająca to zobowiązanie została doręczona po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Obowiązek podatkowy z kwestionowanej faktury powstał we wrześniu 2016 r. (nawet biorąc pod uwagę art.108).
Czy mieliście podobny przypadek albo macie jakieś przemyślenia?

Czy naprawdę nikt nie ma żadnych przemyśleń którymi mógłby się podzielić? Osobiście zamierzam nie stosować art. 112c. Orzecznicy z VAT odezwijcie się proszę.

Moim zdaniem tak. Podstawą jest art. 112b ust. 1 pkt 1 lit. b uVAT.
Wprawdzie faktura została rozliczona w deklaracji za 9/2016, to jednak przepisy sankcyjne ustawy o VAT dotyczą pewnych innych sytuacji, które miały miejsce po dniu 1. stycznia 2017 r., np. wykorzystanie kwoty podatku naliczonego wynikającego z pustej faktury do zwrotu na rach. bankowy. Jest to zupełnie inne zdarzenie "podatkowe" niż wystawienie faktury czy ujęcie jej w deklaracji, co działo się we wrześniu 2016 r.
Strona miała możliwość do czasu wszczęcia kontroli wyrzucić fakturę z rozliczeń za wrzesień 2016 r. i obniżyć kwotę różnicy do zwrotu za styczeń 2017 r.

Pewnie miałbym inne przemyślenia, gdyby rozumowanie prowadziło do wniosku, że sankcję można nałożyć i we wrześniu 2016 r. i w styczniu 2017 r., ale w tej sprawie nie ma tego ryzyka. Ponadto - sprowadzając do absurdu - wątpliwa byłaby sytuacja, w której, też w kontekście art. 11 ustawy z dnia 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw:
- podmiot posiadający 2 mln zł podatku naliczonego z fikcyjnej faktury wystawionej, otrzymanej i rozliczonej we wrześniu 2016 r. może "bezsankcyjnie" żądać jego zwrotu w styczniu 2019 r.;
- podmiot posiadający 2 mln zł podatku naliczonego z fikcyjnej faktury wystawionej, otrzymanej i rozliczonej we styczniu 2019 r. naraża się na sankcję w przypadku wykazania go do zwrotu.

Nie, przepis wprowadzono do 2017 i dotyczy zobowiązań powstałych po styczniu 2017, zobacz przepisy przejściowe.

Przepis przejściowy został przeze mnie zaznaczony. Również zachęcam do jego zobaczenia, ponieważ - wbrew temu co piszesz - nie dotyczy on "zobowiązań powstałych po styczniu 2017". Zastosowanie dodatkowego zobowiązania podatkowego do stycznia 2017 r. jest absolutnie zgodne z przepisem przejściowym. A nawet - jest taki obowiązek  

Wracam do tematu. Proszę zapoznać się z ustawą Dz. U poz 2024 z 2016 r.  i jej art 11 w brzmieniu "przepisów art. 87 ust. 6, art. 112b i art. 112c ustawy zmienianej w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, nie stosuje się do okresów rozliczeniowych przypadających przed dniem 1 stycznia 2017 r. " Myślę, że wyjaśniłam braci skarbowej.

Już całkiem nieźle. A więc nie zobowiązanie podatkowe, lecz okres rozliczeniowy.
Jeszcze tylko dostrzeżenie, że styczeń 2017 r. to okres rozliczeniowy, w którym należy już stosować art. 112b i art. 112c uVAT i będzie prawie dobrze.