Pomysł jest dobry, konieczne byłyby jednak zmiany w naszej ustawie.

W przypadku deklaracji jeżeli czynności sprawdzające wykażą jakąś "niepoprawność" dokumentu, to podatnik może złożyć korektę deklaracji, lub poprzestać na swoim zdaniu i wtedy konieczne jest postępowanie podatkowe.
W przypadku aktu notarialnego deklaracji PCC-3 moim zdaniem nie można traktować jako korekty, bo to zupełnie inny dokument. "Korektą" byłby np. aneks do aktu, albo protokół sprostowania pomyłki (plus korekta PCC-2).

Sąd wydał swoje rozstrzygnięcie w oderwaniu od realiów upcc.

.

W wyroku WSA Gliwice jest podstawa z OP

Dlatego też ww. WSA nie powołał się na upcc a Op. W tych przypadkach PCC-3 nie będzie korektą ale pośrednio i bezpośrednio zarazem w najprostszy sposób skoryguje wielkość pobranego podatku przez płatnika - notariusza. Kiedyś też miałem z tym problem, lecz teraz, gdy podatnik chce to w ten sposób  załatwić i mieć "święty spokój" ułatwiam mu to zgodnie ze 125 OP.

Analizujac art. 10 ustawy o PCC, można dojść do wniosku, że ustawodawca nie zabrania złożyć PCC-3, gdy czynność została sporządzona w formie aktu notarialnego. Akt notarialny konstrukcyjnie przypomina roczne obliczenie podatku PIT-40/PIT-40A, gdzie deklaracja sporządzona przez płatnika zastępuje samoobliczenie podatnika. Niemniej uważam, że jeśli podatnik zgadza się na podwyższenie wartości przedmiotu czynności do wartości rynkowej, powinien oznaczyć PCC-3 jako pierwsza wersję, a nie korektę  (wzoruje się na interpretacji DIAS w K-cach  odnośnie braku możliwości złożenia korekty deklaracji PIT-40A przez podatnika, wtedy samoobliczenie pierwszy raz złożone przez podatnika jest pierwszą jego wersją).

Jakby się zastanowić to pomysł z PCC-3 ma sens
Art. 10. stanowi
Co można odczytać:
- w każdym przypadku gdy czynność musi być dokonana w formie aktu notarialnego podatek pobiera tylko notariusz, lub
- gdy czynność jest dokonywana przed notariuszem (i tylko wtedy) podatek pobiera notariusz.
Prawidłowa jest ta druga interpretacja, ponieważ:
- notariusze są płatnikami także od czynności które nie wymagają formy aktu notarialnego, ale mimo to w takiej formie są dokonywane (np. umowy pożyczki, umowy sprzedaży rzeczy ruchomych)
- jeśli podatek jest wymierzany w drodze postępowania, to udział notariusza jest zbędny, nawet gdy dotyczy ono czynności która musiała być dokonana w formie aktu notarialnego.  

Czyli byłoby tak:
- podatnik kupił rzecz ruchomą, złożył deklarację PCC-3, okazuje się, że zaniżył wartość - składa korektę PCC-3
- podatnik kupił nieruchomość (zawarł umowę w formie aktu notarialnego), okazuje się, że zaniżył wartość - składa PCC-3
W tym drugim przypadku deklaracja nie będzie korektą, bo jak rozumiem, z przyczyn "technicznych" podatnik wykazuje w niej tylko różnicę do dopłaty.
Kupił za 100 000,- zł, powinno być 150 000,- zł, w deklaracji wykazuje więc 50 000,- zł (domyślam się, że tak to jest stosowane?)

Pewną analogię mamy w SD
- podatnik złożył SD-Z2, miesiąc później przypomina sobie o jakimś jeszcze składniku i składa korektę SD-Z2 (wszystko w ciągu wymaganych 6 miesięcy)
- podatnik złożył SD-Z2, rok później przypomina sobie o jakimś jeszcze składniku (i nie chce nic uprawdopodobniać) więc składa SD-3 które nie jest korektą i obejmuje tylko "różnicę"

Są tylko dwa "ale":
- szczegółowy tryb postępowania regulują instrukcje, a dla ich zmiany trzeba by się przebić przez kilka pięter podpisów (sporządził, sprawdził, zatwierdził, powąchał, polizał etc.)
- sprawozdania - tam gdzie różne komórki prowadzą czynności i postępowania, kierownik komórki od czynności ucieszy się, że będzie miał dodatkową rubryczkę w sprawozdaniu potwierdzającą zaangażowanie jego i jego ludzi, ale kierownik postępowań stanie twardo okoniem (a praktyka pokazuje, że oni mają zazwyczaj lepsze układy).

Moi drodzy, a jak z odsetkami?
Data dokonania czynności u notariusza=termin płatności.
Jeśli ktoś chce podwyższyć wartość w PCC-3, to powinien wpisać datę dokonania czynności taką, jak był zawarty akt notarialny - tyle że PCC-3 ma termin płatności 14 dni od dokonania czynności.
Rozumiem że macie sposób na zmianę w SSP daty, od której mają być naliczane odsetki?
Swego czasu, kilka lat temu, Izba Krakowska stała na stanowisku, że podwyższenie wartości przez deklarację nie jest możliwe choćby z uwagi na to, co przytoczyłem powyżej.

Czyli mamy trzecie "ale"
Chyba, że uzgodni się z podatnikiem, że wpisze datę 14 dni wcześniejszą, ale to już trochę za dużo kombinowania.
Ciekawe jak to jest tam, gdzie stosuje się deklaracje?

Wg mnie to deklarację najlepiej złożyć gdy wiemy że odsetki nie występują na dzień złożenia (przyjmować deklarację gdzie mamy do czynienia z tzw. drobnicą), oczywiście wpisać w inne źródła, aby ręcznie edytować dystrybucję (wg pół.  Nieruchomości ).
A też wiemy że w ssp można zmienić termin, można dodać notatkę.

W jaki sposób zmieniacie datę w SSP aby prawidłowo wyliczyć odsetki

Chyba najlepszym rozwiązaniem w tym przypadku będzie utworzyć postępowanie zewnętrzne i tam do arkusza zaciągnąć złożoną deklarację, dopisać podatek pobrany przez notariusza (z aktu), zaznaczyć, że decyzja na podstawie aktu notarialnego i zaksięgować. Wtedy wszystko będzie OK (o ile przyjmujemy, że merytorycznie poprawne jest złożenie takiej deklaracji).

Czyli zostało nam już tylko ustalić, czy w ramach czynności sprawdzających można wezwać podatnika do zmiany wartości przedmiotu czynności.
Moim zdaniem nie, bo to jest już czynność związana z wymiarem.

Pozostaje więc sytuacja gdy PCC-3 pojawia się, gdyż dzięki jakiejś niezwykłej intuicji

Nie ma tu co ustalać, gdyż w aktualnym stanie prawnym (wg OP) nie można  w ramach czynności  sprawdzających wezwać podatnika pisemnie/telef./e-mail, chyba że "telepatycznie" go ściągniemy lub pojawi się aby złożyć PCC-3 "/.../ dzięki jakiejś niezwykłej intuicji" - patrz Szwejkski. Jest to więc "oczywista oczywistość" - kto jemu zabroni złożyć PCC-3 jednocześnie odbiurokratyzując postępowanie . Macie zatem Koledzy w tej sprawie  też rację, ale podatnik też będzie miał rację i w razie naszego oporu przed takim uproszczonym załatwieniem sprawy może  nas zapytać, czy znamy bajkę "O TY MI TUMIE" ?

Czyli osoby, które wydają decyzje na podwyższenie wartości nieruchomości ustalają wartość nieruchomości na podstawie bazy CZM. Stwierdzają, że (wg bazy CZM uwzględniającej SD-Z2) wartość rynkowa różni się od wartości podanej przez podatnika o więcej niż 33% i wszczynają postępowanie. Rozumiem, że bez wcześniejszej jakiejkolwiek rozmowy z podatnikiem co do podwyższenia i wyrażenia przez niego zgody na podwyższenie ?

W CzM na wydruku wartości nieruchomości można (a nawet należy) ująć tylko umowy sprzedaży.