Art. 176. Skreśleń i poprawek w protokóle należy tak dokonywać, aby wyrazy skreślone i poprawione były czytelne. Dokonanie skreśleń i poprawek powinno być potwierdzone w protokóle przed jego podpisaniem.
Wydaje mi się że nie masz wielkiego pola wyboru. Ja bym uderzył się w pierś i pojechał do kontrahenta aby podpisał poprawki, przecież jemu wszytko jedno. Po co pakować się w postanowienie o sprostowaniu omyłki i  do tego dochodzi pouczenie o prawie zażalenia itp. Kierownik będzie musiał podpisać postanowienie albo naczelnik, będą dumać czy tak można ... i się sprawa  coraz bardziej komplikuje. Moja rada: skreśl, popraw i daj do podpisu.

Po co pakować się w jakieś dziwne działanie zamiast napisać wprost do podatnika, że jest pomyłka tu i tu?
Pismo napisane grzecznie i rzeczowo jest właśnie przyznaniem się do błędu i powinno wystarczyć. Można też przeprosić za dokonane omyłki. Po co kombinować z namawianiem podatnika do poprawek po podpisaniu protokołu?

to moim zdaniem można to zrobić zgodnie z zasadą co nie jest zabronione jest dozwolone.

Dokładnie tak. A przynajmniej ja spotkałem się w praktyce z takim postępowaniem.
Co prawda art. 215 §1 Ordynacji mówi o prostowaniu błędów w decyzji, a prostowania błędów protokołach nie reguluje, to moim zdaniem można to zrobić zgodnie z zasadą co nie jest zabronione jest dozwolone.
Swoją drogą to może szkoda, że nie ma takiej instytucji jak "protokół uzupełniający", co? Kiedyś dawno temu takie nieformalne zdarzało się popełniać...

W prawie administracyjnym nie ma tej zasady. Jest ona tylko w prawie cywilnym