Pytanie czy w tym przypadku mam wznowić postępowanie, czy uznać że Podatnik powołuje się na fakt nabycia i odnowić obowiązek?

A ja mam jednak wątpliwości. Nabyciem jest nabycie spadku po danym zmarłym. Sam fakt nabycia został zgłoszony. Problemem jest tylko to, że nie podał wszystkich składników majątku.
Druga wątpliwość jest taka czy on rzeczywiście się powołał. Powołanie się kojarzy mi się bardziej z nieujawnionymi. Poza tym on na nic się nie powoływał tylko zawnioskował o zaświadczenie. Zaświadczenie mamy wydać na podstawie tego co wiemy, a wiemy tyle, że nie wszystko zgłosił, ale niestety prawo do wydania deecyzji ustalającej (w tym po wznowieniu) się przedawniło.
Mimo tych wątpliwości może warto spróbować pójść tropem "powołania się". Nie znalazłem żadnych wyroków na ten temat, więc może będzie jakiś precedens.

Ale oprócz samego wniosku, również powołał się na masę spadkową dotychczas nieujawnioną - poprzez ... "poprosił".

W rozpoznawanej sprawie w sytuacji, gdy uprawomocniło się wydane przez Sąd Rejonowy S. P. i Z. w S. w sprawie [...] postanowienie o stwierdzeniu nabycia spadku po K. D. powstał w stosunku do skarżącego obowiązek zgłoszenia nabycia tytułem spadku właściwemu organowi podatkowemu. Obowiązkowi temu podatnik nie uczynił zadość, tym samym w chwili wystąpienia do organu o wydanie zaświadczenia o możliwości dysponowania spadkiem, po raz kolejny powstał obowiązek podatkowy, gdyż spełnione zostały przesłanki jego powstania z art. 6 ust. 4 zd. 2 u.p.s.d., podatnik nie zgłosił nabycia spadku do opodatkowania i powołał się przed organem na nabycie spadku.
[...]
Sąd w składzie rozpoznającym sprawę zgadza się z poglądem wyrażonym w wyroku NSA z dnia 17 lipca 2015 r. w sprawie II FSK 1485/13, gdzie wskazano, iż z obu tych uregulowań wynika tylko to, że nie wygasło zobowiązanie podatkowe a tylko wygasła w istocie rzeczy kompetencja organu podatkowego do ustalenia (ukształtowania) wysokości tego zobowiązania. Zdaniem NSA wynika to, z tego, że zgodnie z art. 68 § 1 o. p. kompetencja organu podatnego do wydania decyzji powstaje na nowo w związku z odnowieniem momentu powstania obowiązku podatkowego czyli zaistnieniem zdarzenia jakim jest powołanie się skarżącego na fakt nabycia spadku przed organem podatkowym. Art. 68 § 1 o.p. wprost mówi o niemożności wydania decyzji przez organ podatkowy o ile upłynęły 3 lata, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. W rozpoznawanej sprawie fakt powołania się nastąpił w dniu 3 marca 2017 r. a to oznacza, że prawo organu podatnego do wydania decyzji ustalającej zobowiązanie podatkowe skarżącemu w podatku od spadku i darowizn nie wygasło .