czy stawkę sankcyjną można stosować w przypadku powołania się przez spółkę cywilną na pożyczkę od wspólnika tej spółki?
wg mnie nie z uwagi na to, ze taka pożyczka traktowana jest jako zmiana umowy spółki, a nie jako "typowa pożyczka"

Zależy co jest w treści umowy ale jeśli to jest pożyczka to nie jest umową o zmianie spółki.

Fakt - stawka podatkowa jest inna, a ponadto:

"Art. 1. ust. 3
W przypadku umowy spółki za zmianę umowy uważa się:
1) przy spółce osobowej – wniesienie lub podwyższenie wkładu, którego wartość powoduje zwiększenie majątku spółki, pożyczkę udzieloną spółce przez wspólnika, dopłaty oraz oddanie przez wspólnika spółce rzeczy lub praw majątkowych do nieodpłatnego używania;"

Z ww. przepisu wynika, iż każda pożyczka udzielona spółce osobowej (np. cywilnej) jest zmianą umowy.

Ja bym nie próbował ze stawką sankcyjną, już choćby dlatego, że:

"Art. 7. ust. 5
Stawka podatku wynosi 20%, jeżeli przed organem podatkowym lub organem kontroli skarbowej w toku czynności sprawdzających, postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub postępowania kontrolnego:
1) podatnik powołuje się na fakt zawarcia umowy pożyczki, depozytu nieprawidłowego lub ustanowienia użytkowania nieprawidłowego albo ich zmiany, a należny podatek od tych czynności nie został zapłacony;"


Zgodnie z ww. jednym z warunków zastosowania stawki sankcyjnej jest powołanie się przez podatnika, a spółka osobowa nie jest podatnikiem w PCC (art. 4 pkt 9 u.pcc). Powołanie się wspólników/wspólnika spółki na to, że udzielili/ił pożyczki to już nie to samo.

A wg mnie powinna być zastosowana stawka sankcyjna, ustawie PCC nie ma df podatnika. Natomiast w art. 7 Op ww. spółka jest podatnikiem.

Spółka cywilna nie ma osobowości prawnej, nie może mieć i nie ma też zdolności prawnej, ani zdolności do czynności prawnych. Tym samym, moim zdaniem, nie może być stroną umowy pożyczki, więc skoro nie może „brać” pożyczki, nie może stać się podatnikiem podatku od czynności cywilnoprawnych z tego tytułu. Przynajmniej tak jest w prawie cywilnym. To że w prawie podatkowym ma zdolność prawną, to nie ma to wpływu oceną ważności zdarzeń cywilnoprawnych.

Mimo, że - jak piszesz - wg prawa cywilnego nie może "brać" pożyczki, to wg ustawy PCC taką pożyczkę jednak wzięła i może stać się podatnkiem ww. podatku.

Jak się wyjdzie z założenia, że ustawa o PCC decyduję odmiennie od kodeksu cywilnego, że umową pożyczki jest czynność cywilnoprawna która nie jest i nie może być umową pożyczki ( z ww. względów), to ok. Tylko jak dla mnie  twierdzenie, że coś jest umową pożyczki tylko dlatego, że w art. 1. ust. 3 o PCC zapisano jak zapisano, to za mało, bo o tym co jest umową pożyczki, decyduje kodeks cywilny.  
Stroną czynności cywilnoprawnych faktycznie dokonywanych przez spółkę, pozostają działający wspólnie i solidarnie jej wspólnicy. Nie może zatem dojść do pożyczki – w znaczeniu formalnoprawnym: jako czynności cywilnoprawnej – pomiędzy spółką cywilną a jej wspólnikami.

Sorki, ale obaj się "pośliznęliśmy"

Zgodnie z wyrokami:
- postanowienie Sądu Najwyższego z dnia 8 lipca 2003 r. sygn. akt IV CK 13/03, także: I ACa 917/08, VII SA/Wa 413/10, III SA/Po 236/14

Skoro spółka cywilna nie jest podmiotem na gruncie prawa cywilnego, to nie zawiera umów cywilnoprawnych, a jeśli tak to nie jest podatnikiem PCC.

Stronami umowy pożyczki pomiędzy wspólnikiem, a spółką tak naprawdę jest wspólnik pożyczający i wspólnicy spółki (także pożyczkodawca) jako pożyczkobiorcy.

Nie miałem więc racji pisząc że: "zgodnie z ww. jednym z warunków zastosowania stawki sankcyjnej jest powołanie się przez podatnika, a spółka osobowa nie jest podatnikiem etc." bo nie ma to akurat tutaj znaczenia - jeśli wspólnicy się powołują to powołuje się podatnik (nawet w przypadku gdy powoła się pożyczkodawca, bo jest on także pożyczkobiorcą).

Jednakże stawka 20% nie ma tu zastosowania

- II FSK 739/06

Reasumując:
Skoro zgodnie z art. 1 ust. 3 pkt 1 u pcc "W przypadku umowy spółki za zmianę umowy uważa się: [...], pożyczkę udzieloną spółce przez wspólnika" - to znaczy to, iż w rozumieniu niniejszej ustawy pożyczka udzielona spółce osobowej przez wspólnika jest w przepisach ustawy zawsze tylko zmianą umowy spółki, a nie umową pożyczki.

W tej sytuacji art. Art. 7. ust. 5 pkt 1 nie ma tu zastosowania, gdyż nie wymienia zmiany umowy spółki osobowej.

Pięknie napisałeś ... ale mnie jakoś do końca nie przekonało i będę "obstawał" przy swoim, chociaż  w obronie swojego podejścia nic nie deklaruję do obcięcia, nacięcia  czy wycięcia. Jeżeli nikt mnie nie wesprze poddam się.