Chyba za bardzo jesteś przywiązany do relacji ustawa - rozporządzenie z naszego podwórka.
Nie ma to raczej przełożenia w relacji dyrektywa - rozporządzenie.
A i uchylenie starej dyrektywy nie jest tożsame z uchylaniem naszej ustawy. Mamy tu raczej do czynienia z przeredagowaniem dotychczasowych dyrektyw ( m.in. Twoje upoważnienie z art. 29a starej ustawy powędrowało do art. 397 nowej ). Przy tym nie jest to upoważnienie do wydawania rozporządzeń wykonawczych w naszym rozumieniu, a do podejmowania działań niezbędnych do wykonania dyrektywy.
Tak więc rozporządzenie to jest nadal ważne. A środki wykonawcze w nim zawarte należy stosować do interpretowania odpowiednich artykułów nowej dyrektywy poprzez tabelę korelacji ( zał. nr XII ) - zajrzyj do art. 411.