Nie bardzo kumam w czym problem.
Sprzedaż niefakturowana to w 100% sprzedaż dla osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej (czyli obowiązek kasy jak w mordę). Skoro tak to do rejestru dajesz faktury + raport miesięczny z kasy i po sprawie. Jeżeli do niektórych faktur był wystawiony paragon, to jest problem ale czysto techniczny. Trzeba ich równowartość wyłączyć z podstawy opodatkowania, bo zapłacisz 2 x podatek.
Może coś pominąłem - nie siedzę w JST i nie znam specyfiki. Lepiej zadaj bardziej szczegółowe pytanie, najlepiej z przykładem. Polecam strony GOFIN-u są nieźli w sprawach techniki rachunkowej
